http://www.biooscientific.com/Next-Gen-Sequencing/NEXTflex-Illumina-Small-RNA-Seq-Library-Prep-Kits
年末から３人のお客さんにサービス提供しました。インプットtotal RNAが5ngまで下げられること、逆に200ngのtotal RNAがあれば、あのめんどくさい最後のgel extractionが避けられることが主な改良点。画期的なキットです！
ついでに、fastqファイルからのアダプタートリミング方法は以下の通り。fastx_toolkitでlow quality readsを除き、アダプター、3'および5'のランダム配列を除くという手順。最後はsRNA benchに入れて解析します。
#filtering bad quality reads
for file in *.fastq; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; fastq_quality_filter -Q33 -q 20 -p 80 -i $file | fastq_quality_trimmer -Q33 -t 20 -l 10 -o ${filename}_filtered.fastq; done
for file in *.fastq; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; fastq_quality_filter -Q33 -q 20 -p 80 -i $file | fastq_quality_trimmer -Q33 -t 20 -l 10 -o ${filename}_filtered.fastq; done
#clip adapter (BioO)
for file in *_filtered.fastq; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCCAAGG -l 18 -i $file -o ${filename}_clipped.fastq; done
for file in *_filtered.fastq; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCCAAGG -l 18 -i $file -o ${filename}_clipped.fastq; done
#clip 4 bases from 3’ end (BioO introduced random 4 bases in its both adapters)
for file in *_filtered_clipped.fastq; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; fastx_trimmer -Q33 -t 4 -i $file -o ${filename}_trimmed.fastq; done
for file in *_filtered_clipped.fastq; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; fastx_trimmer -Q33 -t 4 -i $file -o ${filename}_trimmed.fastq; done
#clip 4 bases from 5’ end(BioO introduced random 4 bases in its both adapters)
for file in *_filtered_clipped_trimmed.fastq; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; fastx_trimmer -Q33 -f 5 -z -i $file -o ${filename}2.fastq.gz; done
for file in *_filtered_clipped_trimmed.fastq; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; fastx_trimmer -Q33 -f 5 -z -i $file -o ${filename}2.fastq.gz; done
#load *_filtered_clipped_trimmed2.fastq.gz to sRNAbench within sRNAtoolbox(http://bioinfo5.ugr.es/srnatoolbox)
